Preiskave, ki jih delamo pri okvarah notranjih organov, so različne, saj so odvisne od organa, ki ga preiskujemo. Dostikrat so to zahtevne preiskave, za katere potrebujemo ustrezno opremo in znanje ter jih izvajamo v sodelovanju z različnimi specialisti. Pogosto moramo odvzeti košček tkiva posameznega organa in ga pregledati pod mikroskopom, da ugotovimo bolezenske spremembe in njihovo razširjenost, kar nam zelo pomaga pri načrtovanju zdravljenja.
Pri vnetnih revmatičnih boleznih, zlasti pri revmatoidnem artritisu, lahko pride do vnetja osrčnika, kar imenujemo perikarditis. Slednji je zelo pogost tudi pri sistemskem eritematoznem lupusu, pri katerem so lahko vnete še srčne zaklopke (endokarditis). Prizadetost srčne mišice imenujemo miokarditis. Ta zaplet je sicer redkejši, a je možen pri različnih sistemskih boleznih vezivnega tkiva. Pri ankilozirajočem spondilitisu so lahko okvarjeni posamezne zaklopke in prevodni sistem srca, kar povzroči srčno napako in motnje srčnega ritma.
Od prizadetosti posameznih delov srca je odvisno, kakšne težave posameznik občuti in doživlja. Pregled pri zdravniku in ustrezno ukrepanje sta potrebna predvsem, če se pri revmatiku pojavijo hitro utripanje srca, nereden utrip, bolečine v prsih, težko dihanje, premajhno izločanje seča in otekanje nog. Ugotoviti je treba vzrok za vse te spremembe in težave ter jih prizadevno zdraviti.
Pljuča so pri različnih revmatičnih boleznih kar pogosto spremenjena. Sestavljena so iz zračnih poti, pljučnega tkiva in pljučne ovojnice. Prizadeti so lahko različni deli pljuč: vnetje pljučne ovojnice (plevritis) je pogosto predvsem pri revmatoidnem artritisu in sistemskem eritematoznem lupusu. Prizadetost zračnih poti ali alveolov imenujemo alveolitis, pljučnega tkiva pa pnevmonitis; oboje je možno pri vnetnih revmatičnih boleznih, sistemskih boleznih vezivnega tkiva in vaskulitisih. V pljučnem tkivu lahko najdemo posamezne spremembe (infiltrate, razpade, bule) ali pa bolj diskretne in razširjene spremembe. Včasih povzročijo spremembe v pljučnem tkivu tudi nekatera zdravila. Znaki prizadetosti pljuč so predvsem trdovraten kašelj, težave z dihanjem ob manjšem naporu in včasih tudi v mirovanju ter bolečine v prsih.
Na ledvice lahko kvarno vplivajo nekatera zdravila, ki jih uporabljamo pri zdravljenju revmatičnih bolezni, kar je podrobneje opisano v poglavju o zdravilih. Če pride do odpovedi ledvic, je pri takem bolniku potrebna redna dializa (umetna ledvica). Praviloma pri revmatičnih boleznih ne pride v poštev presaditev ledvic.
Prebavila so prizadeta predvsem pri bolezni, ki jo imenujemo sistemska skleroza. Največkrat je to požiralnik, ki se razširi in postane manj gibljiv, zato se pojavijo težave pri požiranju. Lahko pa so okvarjeni tudi drugi deli prebavil od ust do zadnjika. Določene motnje zgornjih prebavil se pojavljajo tudi pri Sjögrenovem sindromu, predvsem zaradi suhosti ustne sluznice in požiralnika. Včasih pride pri tej bolezni do vnetja trebušne slinavke (pankreatitis), ki pa je ponavadi blago. Pri vaskulitisih je zaradi prizadetosti žilja možno odmrtje posameznih delov črevesja, kar je resen, smrtno nevaren zaplet, ki ga je treba operativno zdraviti. Pri nekaterih vnetnih črevesnih boleznih se pojavljajo tudi revmatične bolezni, ki sodijo v skupino serološko negativnih spondiloartritisov. Imenujemo jih enteropatični spondiloartritisi.
Na prebavila lahko slabo vpliva tudi jemanje različnih zdravil, predvsem nesteroidnih antirevmatikov. Ti lahko povzročajo blage spremembe na sluznici zgornjih prebavil, lahko pa tudi hude, kot so vnetje in razjede na sluznici dvanajstnika ter želodca, krvavitve iz prebavil in predrtje, največkrat želodčne stene.